Im 9. Jahrhundert wurde eine befestigte Siedlung an der Stelle des heutigen Kłecko errichtet.
Im 13. Jahrhundert wurde eine gemauerte Burg errichtet. 1255 erhielt die Siedlung von Boleslaus dem Frommen das Stadtrecht und Henryk Strophisus wurde der erste Vogt der Stadt. Durch Kämpfe mit dem Deutschen Orden wurde die Stadt 1331 zerstört.
1501 wurde die Stadt erneut, diesmal durch einen großen Brand, zerstört, aber wieder aufgebaut.
Bei dem deutschen Angriff auf Polen im September 1939 verteidigten zivile Einwohner die Stadt Kłecko verteidigt, nachdem die polnische Armee sich zurückgezogen hatte.[1]
Am 10. September wurde Kłecko von der deutschen Armee vollständig besetzt.[2] Am 21. Januar 1945 marschierte die Rote Armee in die Stadt ein.
Bei einer Verwaltungsreform wurde die Woiwodschaft Posen gebildet, die das Gebiet der Stadt einschloss. Nach deren Auflösung war Kłecko ab 1999 Teil der Woiwodschaft Großpolen.
Durch die Stadt führt die Landesstraße 190. Sie verbindet Gniezno im Süd-Osten und Wągrowiec im Nord-Westen. Der Flughafen Poznań-Ławica liegt etwa 50 Kilometer westlich.