Diskussion:Gene Ontology

Muss der Link vom Ausdruck „Ontologie“ zum entsprechenden Artikel nicht zu „Ontologie (Informatik)“ statt zu „Ontologie“ (Metaphysik) führen? -- Brudersohn Diskussion:Gene Ontology#c-Brudersohn-2010-04-11T15:19:00.000Z-Link zu „Ontologie“11Beantworten

Jo. Richtig. Danke. --Ayacop Diskussion:Gene Ontology#c-Ayacop-2010-04-11T17:24:00.000Z-Brudersohn-2010-04-11T15:19:00.000Z11Beantworten

Ich vermisse einen Abschnitt zu typischen Anwendungen.

Genannt ist die Annotation. Die ist aber kein Selbstzweck. Anwendungsbeispiele wären hilfreich.

Geht es auch um Verschlagwortung zur Text-Recherche? – Rainald62 Diskussion:Gene Ontology#c-Rainald62-2012-02-10T23:21:00.000Z-Anwendungen11Beantworten

Auch. Ich habe jetzt das Thema ausgebaut. --Ayacop Diskussion:Gene Ontology#c-Ayacop-2012-02-20T09:43:00.000Z-Rainald62-2012-02-10T23:21:00.000Z11Beantworten

"... Verwendung in Software [...], die so biologisches und klinisches Wissen benutzt, um Fragen zu beantworten und experimentelle Daten zu analysieren ..." – missverständlich, insbesondere durch das "so", denn das Expertenwissen besteht ja zu einem großen Teil aus quantitativen Informationen. Allein auf der Basis der Ontologie könnte man vielleicht die Auskunft geben, dass man ohne Kalium stirbt, aber nicht, ob eine u.U. ebenfalls tödliche Kaliumgabe indiziert ist. – Rainald62 Diskussion:Gene Ontology#c-Rainald62-2012-02-20T13:27:00.000Z-Ayacop-2012-02-20T09:43:00.000Z11Beantworten

Wo liegen die Grenzen? Habe ich den Text richtig verstanden, dass jeder in die Datenbank aufgenommene Terminus einer der drei Kategorien "Zelluläre Komponente", "Biologischer Prozess" und "Molekulare Funktion" zugeordnet ist? Das wäre eine arge Beschränkung. Jedenfalls dürfte die Ontologie dann nicht benutzt werden, um Einleitungssätze für WP-Artikel zu formulieren (nein, Homöostase ist kein Prozess).

Gruß – Rainald62 Diskussion:Gene Ontology#c-Rainald62-2012-02-10T23:21:00.000Z-Meinung11Beantworten

Naja, Homöostase kann aber auch als Gesamtheit aller Prozesse gesehen werden, die zum gleichnamigen Zustand führen. Das ist doch nur eine etymologische Herleitung, aus der du argumentierst, nicht der tatsächliche Sprachgebrauch.

Es ist richtig, dass im Artikel die Anwendungen fehlen. Die sind üblicherweise weitaus komplexer als die Textrecherche und erfordert weitere Artikel, deshalb dauert das wohl. --Ayacop Diskussion:Gene Ontology#c-Ayacop-2012-02-11T09:08:00.000Z-Rainald62-2012-02-10T23:21:00.000Z11Beantworten

"nicht der tatsächliche Sprachgebrauch"? – In der GO sind zu "homeostatic process" 349 Referenzen aufgeführt, deren Titel ich überflogen habe. Es kommen mehrfach Formulierungen vor wie "maintain ... homeostasis" und "mechanism of ... homeostasis". Liest Du "Gesamtheit aller Prozesse aufrechterhalten" bzw. "Mechanismus der Gesamtheit aller Prozesse"? Vielmehr weisen diese Fragmente auf zwei abweichende Bedeutungsnuancen hin: "Aufrechterhaltung des stabilen Zustands" bzw. "Mechanismus der Stabilisierung". – Rainald62 Diskussion:Gene Ontology#c-Rainald62-2012-02-11T17:56:00.000Z-Ayacop-2012-02-11T09:08:00.000Z11Beantworten

(dazu wird noch ein kompletter Annotations-Datensatz für die betreffende Spezies benötigt)
Was ist damit gemeint?
Was ist ein Annotations-Datensatz hier?
Sind die einzelnen Datensätze noch keiner Spezies zugeordnet?
--Jangirke (Diskussion) Diskussion:Gene Ontology#c-Jangirke-2012-09-30T02:39:00.000Z-Annotations-Datensatz11Beantworten

Die einzelnen Annotationen beziehen sich natürlich auf ein bestimmtes Gen (das immer auch von einem Organismus kommt). Mit Datensatz war das Bündel aller Annotationen zu einem bestimmten Organismus gemeint. Man kann aber natürlich auch mit Teilmmengen davon arbeiten. Passage ist geändert. --Ayacop (Diskussion) Diskussion:Gene Ontology#c-Ayacop-2012-09-30T06:58:00.000Z-Jangirke-2012-09-30T02:39:00.000Z11Beantworten