Der DFB-Hallenpokal 1999 wurde in der WestfalenhalleDortmund ausgetragen und war somit die zehnte offizielle Austragung, und die elfte insgesamt, dieses Wettbewerbes. Das Teilnehmerfeld des Finalturniers bestand wie im Vorjahr aus zwölf Teams. Sieger wurde der Borussia Dortmund durch einen 2:1-Sieg über den VfL Wolfsburg.
Gespielt wurde in vier Gruppen mit jeweils drei Teams. Die Größe des Polygras-Kunstrasens betrug 49 mal 45 Meter großen und wurde von einer Bande umgeben.
Die Spieldauer betrug je 2 mal 12 Minuten in der Vorrunde und im Viertelfinale, Halbfinale, Spiel um Platz 3 und Finale je 2 mal 15 Minuten. Bei Remis wurde der Sieger in einem Neunmeterschießen entschieden.